Meu instinto diz que sua câmera está usando MJPEG com algum tipo de áudio PCM. Para dizer que é ineficiente como um codec de armazenamento está sendo caridoso. Aposto que foi relativamente fácil para a Canon implementar no firmware.
No que diz respeito a "algo mais" para comprimir, o MPEG-4 AVC (h.264) é o atual rei dos codecs populares. Para o momento. Também é difícil dar errado com o MPEG-2, o codec usado em DVDs. Ele requer uma taxa de bits mais alta, mas fornece arquivos que você pode facilmente inserir em DVDs sem uma nova compactação. MPEG-4 SP / ASP (XviD, DivX, etc.) caem em um espaço ímpar entre os outros dois. A maioria dos softwares / dispositivos que podem reproduzir o XviD também pode reproduzir o h.264, que possui uma qualidade mais alta em uma determinada taxa de bits, mas não possui o futuro que o h.264 oferece e a ampla disponibilidade e implementação do MPEG-2. Há também o novo formato WebM do Google, que é o codec VP8 da On2 com áudio Vorbis em um container Matroska (subconjunto?).
Para áudio, é melhor escolher uma vez que você escolha seu contêiner e codec. Se você está criando um formato pronto para DVD, você vai querer ficar com algo como AC3, MPEG-1 Layer 2, ou até mesmo PCM. Se você deseja um arquivo Matroska pronto para o futuro com o h.264, você pode usar o MP3 ou o AAC facilmente. WebM especifica o Vorbis.
No que diz respeito aos parâmetros, você terá que mexer um pouco até encontrar um equilíbrio que goste de si mesmo. Um bom frontend de codificador como o Handbrake provavelmente lhe dará resultados aceitáveis com configurações padrão (ou próximo ao padrão).