O problema está no linux, o atributo oculto do windows não funciona.
Para ocultar um arquivo / pasta, coloque um .
na frente do nome do arquivo.
Mas Como essas pastas são pastas do sistema nas janelas, renomeá-las com .
pode causar danos à estabilidade do sistema operacional ou o Windows pode criar outra pasta com nome que será novamente visível no linux
Então você tem que viver com isso. :)