Em vez de editar o arquivo .desktop localizado em /usr/share/applications/ (pode causar muitos problemas, será substituído após um upgrade do pacote associado), primeiro copie o arquivo e cole em ~/.local/share/applications/ . Em seguida, edite o arquivo copiado usando o gedit, sudo não é necessário.
Por que ls não lista o arquivo:
ls lista o% realfilename.desktop, enquanto o Nautilus mostra o nome do aplicativo de acordo com o campo Name= em %código%. Esses dois podem ser diferentes. Aqui, neste caso, filename.desktop no Name=Visual Studio Code , mas filename.desktop pode ser algo completamente diferente.
