Os argumentos da janela não parecem estar funcionando no meu ambiente, mas seguindo outros exemplos que usam javascript para mover a janela. Aqui está um exemplo (comutado "Program Files" para 64 bits):
"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe" --app="data:text/html,<html><body><script>window.moveTo(200,200);window.resizeTo(400,300);window.location='http://www.example.com';</script></body></html>"
e o segundo:
"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe" --app="data:text/html,<html><body><script>window.moveTo(600,200);window.resizeTo(400,300);window.location='http://www.example.com';</script></body></html>"
O uso de janelas funciona, mas os ícones da barra de tarefas estão definidos para arquivos genéricos em vez de cromo.