Ah, eu rastreei isso. Abra o regedit e defina todas essas chaves para esvaziar:
HKEY_CLASSES_ROOT\ChromeHTML\shell\open\command\DelegateExecute
HKEY_CLASSES_ROOT\Chrome\.exe\shell\open\command\DelegateExecute
HKEY_CLASSES_ROOT\Chrome\.exe\shell\opennewwindow\command\DelegateExecute
HKEY_CLASSES_ROOT\Chrome\.exe\shell\run\command\DelegateExecute
Depois de fechar o regedit, quando você abrir o Chrome na tela inicial, ele será aberto na sua área de trabalho.