O culpado está na própria postagem do blog. O autor usou o en-traço em vez do hypen-minus ( – , não - ), então o FFmpeg vai se engasgar com isso e não reconhecer i como opção de entrada.
Além disso, o autor usou o sinal de multiplicação em vez de um latin x para o tamanho ( × , não x ).
Para corrigir isso, substitua o comando por:
ffmpeg -i source.MOV -r 15 -s 320x240 -an video.flv
E escreva um e-mail para o autor para que ele corrija seus exemplos.