Em relação ao Git, consulte link para uma discussão sobre o assunto e também veja git-annex .
git-annex não faz manipulação de versões para os arquivos anexos, mas em todos os outros aspectos funciona como o Git, com prós e contras. Certifique-se de ler o que git-annex não é .
Eu também não vejo rsync como uma solução especialmente ruim, se script bem. Vai fazer transferências muito eficientes. O problema será se for difícil definir uma unidade "mestre", por assim dizer. Se você só clona a unidade A para os outros, tudo é trivial, mas se às vezes você adicionar dados na unidade 2 e quiser que isso se propague para os outros discos, isso se tornará tedioso. E se houver conflitos ... Isso torna as soluções como git-annex muito boas. Mesmo que não tenhamos a parte de controle de revisão do Git, ainda restam muitas vantagens.
Além disso, na minha experiência, as revisões raramente são (nunca?) necessárias para arquivos de mídia e tal, a menos que um esteja criando música ou algo semelhante, então o trade-off do git-annex está OK em meu livro.
UPDATE: Um bom lugar para encontrar informações iniciais é a campanha do Kickstarter que Joey Hess lançou para poder gastar muito mais tempo no projeto. Veja assistente do git-annex: como o DropBox, mas com o seu própria nuvem .
O resumo do git-annex no lwn.net também pode ser uma leitura interessante.