Suas suspeitas estão corretas: Colocar arquivos de duas páginas em duas partições diferentes na mesma unidade física diminui o desempenho por causa das grandes buscas adicionais envolvidas.
Não tenho certeza se o Windows permitirá que você coloque um arquivo de paginação em uma unidade USB, mas o USB 2.0 seria lento demais.
Um arquivo de página por unidade física é melhor para desempenho, e o Windows Vista e mais recente fazem isso automaticamente por padrão, e o 2000 e o XP podem ser configurados para isso.
Tudo isso dito, se você está fazendo o suficiente para se preocupar com esses efeitos de desempenho, então mais memória RAM será um remédio muito melhor do que usar um SSD de ponta para a página. armazenamento de arquivo.