Não, na verdade não.
É claro que o software poderia ser desenvolvido para usar outro var, mas o Windows teria que usá-lo para procurar por binários também.
Você pode criar um script para estender somente a variável PATH com seus caminhos de ferramentas de desenvolvimento quando precisar deles. Caso contrário, remova-os novamente.
No Linux, há o comando source que o sdk do jetpack do firefox usa, por exemplo, que usa uma sub-bash. Não sei se o Windows tem algo assim também. Essa seria outra / melhor opção.