Dependendo da ferramenta que você usa, pode ser tão simples quanto dizer à ferramenta para assistir à sua pasta da área de trabalho. Feito. Nem todos eles fazem isso, no entanto.
O Dropbox, por exemplo, não. O que eu recomendaria é symlinking sua pasta Desktop em sua pasta Dropbox nessa situação. Symlinking é uma maneira de dizer ao sistema de arquivos que um arquivo ou pasta específica é realmente outro arquivo ou pasta na sua unidade.
mklink /D "C:\Users\Your User\DropBox\Desktop\" "C:\Users\Your User\Desktop\"
Isto é o mesmo que dizer "Minha pasta no DropBox \ Desktop realmente é apenas a minha pasta desktop." O Windows cuida de tudo isso, portanto, se um aplicativo (como o DropBox) tentar navegar pela pasta, ele nem saberá que o Windows está traduzindo os caminhos para ele.
Usar esse método permite que você deixe mais ou menos a sua pasta da área de trabalho sozinha. Alguns programas não gostam se você mover sua pasta desktop, e se você mover sua área de trabalho para o seu DropBox e decidir desinstalar o dropbox ou usar uma ferramenta diferente para fazer backup / sincronizar o conteúdo, você tem que mover tudo novamente. Com esse método, você pode simplesmente remover o link simbólico ou até mesmo ter vários serviços de sincronização fazendo backup de sua área de trabalho ao mesmo tempo (você pode vincular várias pastas virtuais à mesma pasta real ao mesmo tempo).