Existem várias possibilidades aqui. Poderia muito facilmente ter sido um vírus, pois sabe-se que vírus do setor de inicialização fazem coisas desse tipo. A idéia é não confiar no disco rígido antigo sem um formato de baixo nível, isso lhe dirá se há partes do disco rígido indo mal, ou se havia um vírus, elimine-o completamente.
O disco rígido pode ter sido desmapeado, mas isso não aconteceu sozinho. Eu ficaria preocupado.
Esta é uma pergunta muito difícil de responder sem o computador físico na sua frente, pois há muito que poderia causar algo parecido. Puxe todos os dados que você precisa fora desse disco rígido, limpe-o (nível baixo) e reinstale. Eu também realizaria varreduras de vírus em qualquer dado proveniente daquele disco rígido. Você nunca pode ser cuidadoso.
E vou acrescentar isso só porque, pela minha experiência, as pessoas não fazem isso. Backups backups de backups!
EDIT - Vá com sua solução antes de tentar qualquer coisa, como afirmei. coisas fáceis primeiro!
Boa sorte