Você pode querer considerar o uso de um emulador de terminal adequado, em vez da gigantesca besta do tamanho de um kraken do Gnome. Eu sugiro urxvt, ou sakura se o gtk for uma obrigação.
Dito isto, o Emacs tecnicamente não usa a tecla Alt. Ele usa a chave "meta", que é mapeada para a tecla alt em sistemas modernos, mas isso não é obrigatório. Por um lado, você pode usar qualquer combinação de A-<whatever>
pressionando ESC
e, em seguida, <whatever>
. Isso funciona praticamente em qualquer coisa do Unix.
Como alternativa, mapeie a meta key para outra coisa. Isso é explicado aqui .