Is there a way to properly format it for an Ubuntu 9.10 Server to take advantage of the advanced format? Such as with sector sizes?
O problema em potencial surge não da formatação da unidade, mas de onde na unidade as partições estão localizadas. As unidades do setor de 4K precisam ser alinhadas em um endereço de bloco lógico que é um múltiplo de 8.
Supostamente, as ferramentas do Linux foram atualizadas para fazer a coisa certa quando se trata das unidades do setor 4K.
Se você estiver usando a versão mais recente de um editor de partições popular do Linux para criar uma ou mais novas partições na unidade, deverá estar OK.
Um aviso: as unidades WD podem ser colocadas em jumper como um kludge para funcionar "corretamente" com partições criadas pelo Windows XP. Como você está usando o Linux, certifique-se de fazer não ter o jumper configurado para o Windows XP. (Se você tivesse o jumper XP definido, você teria um desempenho terrível da unidade).
Atualização:
OK, depois de pesquisar um pouco mais, estou confuso. Por um lado, eu li os artigos gerais que afirmam que o Linux não tem nenhum problema com as unidades do setor 4K. Mas, por outro lado, há artigos como esses que afirmam o contrário. Linux não totalmente preparado para 4096- Discos rígidos do setor de byte
Formato avançado de disco rígido do Linux WD EARS
O segundo link acima é provavelmente mais útil, pois parece oferecer sugestões sobre como particionar adequadamente uma unidade do setor de 4K.
O que eu sugiro é que você primeiro verifique o alinhamento de suas partições usando fdisk -lu para exibir seus LBAs iniciais. Se sua (s) partição (ões) já estiver (em) alinhada (s) em LBAs com um múltiplo de 8, você deverá estar bem. (Você também pode cronometrar a transferência de um arquivo grande como uma verificação extra de sanidade.)
Se você tiver partições desalinhadas, provavelmente desejará excluir e recriar usando o método no segundo artigo para garantir que elas estejam alinhadas corretamente.
Espero que isso ajude ...