Essas ferramentas usam apenas a defrag do Windows, que não foi alterada no Windows 7.
O motivo pelo qual eles podem permanecer por algum tempo após a saída é que as grandes operações de disco simplesmente levam algum tempo.
Um aplicativo de desfragmentação analisa o disco e, em seguida, basicamente pede ao windows para "mover este arquivo deste local para aquele lugar no disco". Essa operação pode levar algum tempo, especialmente se for um arquivo grande, ou se seu disco estiver quase cheio ou apenas lento.
Os aplicativos provavelmente não "penduraram", eles estão apenas esperando que as janelas terminem a última operação que fizeram. Meu palpite é que você tem alguns arquivos muito grandes (> 2GB) e as operações de desfragmentação levam algum tempo para terminar de realocá-las. Eles acabarão por terminar, e o processo fechará por conta própria se você permitir.
Se você tiver um arquivo de 40 GB e o defragger solicitar que as janelas sejam realocadas, o download do arquivo > 10 minutos para concluir essa tarefa. Você precisará esperar tanto tempo antes de considerar o processo interrompido. Se o disco tiver uma performance de gravação lenta (como um SSD ou uma unidade de notebook mais antiga de 4500 rpm), essas operações levarão mais tempo ainda.
Se o seu disco for novo e rápido e puder gravar a 100 MB / s, você poderá fazer as contas e pensar que deve levar apenas 200 segundos para mover um arquivo de 20 GB, mas quando considerar a leitura do mesmo disco, os tempos de busca e a atualização constante do arquivo de log NTFS, ele realmente levará muito mais tempo.
Eu uso "My Defrag" o tempo todo no Windows 7 sem problemas.