Eu posso falar principalmente pelo MacPorts, mas tenho certeza que isso se aplica ao Fink e provavelmente ao Homebrew também. Não há processos em segundo plano em todos os para o instalador do pacote MacPorts. É apenas um sistema que controla as portas instaladas e mantém as dependências em seu próprio diretório /opt/local
independente (com poucas exceções). Se você instalar algum tipo de daemon ou serviço que precise ser executado como um serviço de segundo plano, então essa é uma história diferente e a saída de port install
normalmente fornecerá instruções sobre como carregá-lo.
Não vejo como a instalação do MacPorts (ou do Fink, etc) interromperia inerentemente a sua instalação do Mono, que se instala em /Library/Frameworks
com links simbólicos para executáveis em /usr/bin
. Eu diria que seu medo está fora do lugar.