A resposta provável é que suas unidades externas também têm um recurso de hibernação e quando elas hibernam, a Yosemite a vê desconectando-a sem ser ejetada.
Essa exceção provavelmente é capturada pelo OS X, embora o sistema esteja em repouso. Quando você acorda o Mac novamente, você ainda verá o aviso, mas as unidades também são despertadas e restabelecem a conexão com o Mac, para que você possa acessá-las e vê-las como montadas.
Verifique a documentação das unidades que você precisa ver se elas possuem um recurso de hibernação e se elas podem ser desativadas. Se puder, desligue-o, deixe o computador entrar no modo de suspensão e verifique se o aviso volta.
Você também pode testar definindo o Economizador de energia > Suspensão do computador em Preferências do sistema como 1 minuto para que o computador entre no modo de espera, espere cerca de 5 a 10 minutos e Acorde novamente. A menos que as unidades externas estejam seguindo o exemplo da placa USB e hibernando as unidades, elas provavelmente não deveriam ter entrado em hibernação, o que significa que, quando você acorda o Mac, você não deve ver o aviso Disco Não Ejetado Adequadamente.
Embora menos provável, verifique a documentação da placa USB 3.0 e veja como ela se comporta quando o computador entra no modo de suspensão. Talvez ele entre no modo de baixa energia que faz com que ele perca suas conexões, como o modo como o telefone não carrega de um USB em um computador de desligamento.
UPDATE
Eu pensei em outra coisa que você pode verificar. Dê uma olhada no * Energy Saver > Computer Sleep ** em Preferências do Sistema e veja se a opção "Colocar discos rígidos para dormir quando possível" está marcada. Isso realmente deve afetar somente HDDs internos, mas talvez isso também possa afetar os HDDs externos.
Além disso, se você ainda não tiver preenchido essas unidades e tiver espaço para fazer o backup delas, recomendo entrar no Utilitário de Disco e formatá-las como Mac OS Extended (Journaled) , ou ainda melhor, como são externos, Mac OS Estendido (Registrado, Criptografado) , se você ainda não fez isso. Enquanto a maioria dos fabricantes dizem que eles são compatíveis com Mac, o que normalmente significa que eles são formatados com ExFat. Se você estiver usando as unidades exclusivamente com o Mac, é sempre melhor formatá-las no formato nativo do OS X. Ele também tem os benefícios adicionais de limpar todos os "utilitários" OEM que geralmente não fazem nada, mas pioram o desempenho.