Sim. Qpdf deve fazer o que quiser:
qpdf --password=thepassword --decrypt input.pdf output.pdf
Você pode encontrar um download para o Windows (supondo que você tenha MinGW instalado) se você for para Files->qpdf->latest version
, em seguida, role para baixo para encontre uma descrição dos arquivos (você pode encontrar um link para a versão 5.11, a versão mais recente a partir de 2014-3-28, aqui ).