A fragmentação ocorre quando um arquivo já em disco é alterado, tornando-se maior do que antes, e nenhum arquivo menor que o seu cluster tamanho deve acabar fragmentado. Para responder corretamente à sua pergunta, precisamos saber o tamanho do cluster, a porcentagem da unidade em uso e se os arquivos serão alterados após a alocação inicial do espaço em disco.
As operações de E / S em muitos arquivos pequenos versus alguns arquivos grandes são muito mais lentas, devido a toda a sobrecarga do sistema de arquivos (e ao tempo de varredura / busca), portanto, se você considerar esse desempenho degradado, sim. isso realmente depende mais se você está acessando 5000 deles de uma só vez, ou apenas alguns de cada vez.
O ext4 em particular não requer desfragmentação da mesma forma que os sistemas de arquivos do Windows fazem por causa do caminho ele aloca espaço para arquivos, desde que sua partição não esteja 90% cheia, eu não me preocuparia com isso.