Tente substituir as linhas que você postou com estas:
(add-to-list 'load-path "~/.emacs.d/")
;;; Markdown mode
(autoload 'gfm-mode "markdown-mode.el" "Major mode for editing Markdown files" t)
(setq auto-mode-alist (cons '("\.text$" . gfm-mode) auto-mode-alist))
(setq auto-mode-alist (cons '("\.md$" . gfm-mode) auto-mode-alist))
(setq auto-mode-alist (cons '("\.mdown$" . gfm-mode) auto-mode-alist))
(setq auto-mode-alist (cons '("\.mdt$" . gfm-mode) auto-mode-alist))
(setq auto-mode-alist (cons '("\.markdown$" . gfm-mode) auto-mode-alist))
O importante é adicionar 'gfm-mode
antes de "markdown-mode.el"
no comando autoload
.