O RevoUninstaller executará a desinstalação e, em seguida, procurará no registro e no sistema de arquivos por arquivos e configurações restantes e permitirá que você faça mais limpeza. É simples, direto, fácil e há uma versão gratuita.
Além disso, o CCleaner tem um limpador de registro bastante decente, que é provavelmente o melhor disponível no momento. É grátis também.
ATUALIZAÇÃO:
Na verdade, o RevoUninstaller tem uma versão gratuita .
Mas se você tem outras coisas contra o RevoUninstaller (é apenas o que eu tenho experiência com), há também Advanced Uninstaller , que é freeware, e ouvi outros recomendarem.