Para remover todos os arquivos com uma extensão específica, faça o seguinte:
cd C:\ path\to\directory\extension
del /s *.extension
Para remover pastas vazias, sugiro olhar para uma pergunta do stackoverflow:
EDIT: Obviamente, sugiro cautela executando este tipo de comando em uma unidade inteira. Pode haver algo que você precisa. Portanto, tenha cuidado.