Potencialmente sim.
Para evitar que o armazenamento se esgote de todas as gravações minúsculas que um sistema pode solicitar de um disco, essas gravações geralmente são armazenadas em buffer e depois liberadas de uma só vez. Quando ejetar manualmente um disco, você faz com que o sistema libere o buffer de gravação e, ao fazê-lo, verifique se todos os dados que deveriam estar no disco são realmente.
Se você desconectar um disco sem "ejetar", ou seja, liberando o buffer de gravação, você se abre para a possibilidade de corrupção do sistema de arquivos ou perda de dados.