Você pode usar o applescript para ativar / desativar o Java. Salve o script como um aplicativo e chame-o com uma tecla de atalho ou de um link.
O seguinte funcionou para mim (YMMV):
try
tell application "Safari"
activate
end tell
tell application "System Events"
tell process "Safari"
click menu item "Preferences…" of menu "Safari" of menu bar item "Safari" of menu bar 1
click button "Security" of tool bar 1 of window 1
click checkbox "Enable Java" of group 1 of group 1 of window "Security"
click button 1 of window "Security"
end tell
end tell
end try
Editar:
Um link para o código:
link