Como solicitado por shufler , estou "respondendo" a minha própria pergunta, bem, é uma solução alternativa de qualquer maneira.
Basicamente, acho que o painel de controle da nVidia (ou algo assim) define a resolução para alguns valores antigos escondidos em algum lugar (não consegui encontrá-los no registro) no final da inicialização, mas antes de efetuar login. Removendo os drivers da nVidia, painel de controle, arquivos de configurações e configurações de registro (mesmo usando as próprias ferramentas da nVidia) não corrigem o problema.
A solução é apenas redefinir automaticamente as res e as posições para o que você deseja após o login. Usei a linha de comando Modificador de exibição para fazer isso em um arquivo de lote que é executado na inicialização:
timeout 2
"C:\Program Filesnoon Display Changer\dccmd.exe" -max -more
"C:\Program Filesnoon Display Changer\dccmd.exe" -monitor="\.\DISPLAY2" -ty=416 -apply
O timeout 2s permite que outras coisas sejam carregadas na inicialização, caso contrário, nem sempre funciona YMMV.
A primeira linha define o monitor principal para sua resolução máxima e espera por outro comando, a segunda linha posiciona a y pos do segundo monitor 416 pixels abaixo do topo do primeiro e aplica ambos os comandos. Veja a documentação do trocador de tela para mais informações, a maioria das pessoas provavelmente precisará apenas da primeira linha com a configuração -max.
Espero que isso ajude alguém. Se alguém descobrir uma correção adequada, por favor me avise.