Parece um problema de sincronização (que eu achei que eles já tinham corrigido). Experimente e veja se isso ajuda:
Pegue o gerenciador de configurações do compiz da seguinte forma:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Abra e navegue até o plug-in openGL.
Procure a opção "Sincronizar com o VBlank" e desmarque-a.