Simplificando, as duas únicas atividades que previnem de forma confiável o modo sleep / hibernate são teclado e mouse / touch .
Em todos os outros casos, os aplicativos devem explicitamente e (em minha experiência) informar periodicamente ao Windows " Eu ainda preciso de você! " se eles exigem que o computador permaneça acordado. As aplicações do media player são um bom exemplo.
Se o Matlab não tiver nenhuma opção para "manter seu PC acordado", você terá que desabilitar o modo de suspensão / hibernação enquanto executa cálculos de longa duração.