Você está usando o GNOME 3 no Fedora com uma placa gráfica que não seja da NVidia, então é provável que você esteja usando o Wayland como sistema gráfico. O gpick é baseado no GTK + 2.x, que suporta apenas o X11 e passa pela camada de compatibilidade do Xwayland.
Portanto, há dois motivos para o seu problema:
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O sistema gráfico Wayland por design não permite que um programa veja o conteúdo de outros programas. Recursos como capturas de tela ou selecionadores de cores precisariam, portanto, de cooperação do gerenciador de janelas. (Por exemplo, o aplicativo pedia ao WM para tirar uma captura de tela e escolher as cores que em vez da tela real.)
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O Xwayland atua como um "display" X11 completamente separado; enquanto ele tem ganchos permitindo que janelas individuais sejam intercaladas com as nativas, e transferir o conteúdo da área de transferência para trás & por diante, ele não passa nenhuma outra informação sobre o Wayland para os aplicativos do X11. No que diz respeito a esses, eles estão rodando em uma área de trabalho preta sem Wayland à vista.
Como resultado, o gpick pode ver apenas outras janelas do X11, mas não as janelas nativas do Wayland.
Você pode alternar entre as sessões GNOME + Wayland e GNOME + X11 usando o ícone 'engrenagem' na tela de login do GDM.