O regex que você está procurando seria:
^<!--[\s\S\n]*?-->$
Explicação:
^ Start of match
<!-- All comments must begin with this
[\s\S\n] Any character (. doesn't allow newlines)
* 0 or more of the previous thing ([\S\s])
? As few of the previous thing as possible while still matching
--> All comments must end with this
$ End of match
Se você tiver um comentário dentro de um comentário, isso terá problemas:
<!-- Documentation
This program documents itself using comments of the type <!-- -->
-->
Realçado em negrito significa uma correspondência