Não é normal que o Hyper-V seja readicionado novamente após a reinicialização. Não tenho a menor idéia de evitar isso, mas tenho uma resposta para impedir que o Hyper-V funcione.
Abra um prompt de comando como admin e execute este comando:
bcdedit /set {current} hypervisorlaunchtype off
Após a reinicialização, o Hyper-V ainda está instalado, mas o hipervisor não está mais em execução.
Agora você pode usar o VMware sem problemas.
Se você precisar do Hyper-V novamente, execute este comando a partir de um cmd, iniciado como admin:
bcdedit /set {current} hypervisorlaunchtype auto