No manual do xterm, você pode encontrar a descrição da opção relevante:
-sl number This option specifies the number of lines to save that have been scrolled off the top of the screen. This corresponds to the saveLines resource. The default is “64”.
Então você pode ligar
xterm -sl xxx
ou crie um alias
xterm='xterm -sl xxx'
ou defina saveLines no seu arquivo Xresources (ou global).