Mover (desinstalar e reinstalar) os programas para um segundo disco não deve diminuir o desempenho. (assumindo que os discos são da mesma velocidade e conectados em um barramento de mesma velocidade). Se fosse discos magnéticos HDD, pode até aumentar o seu desempenho, mas eu duvido que isso tenha algum efeito perceptível em um SSD.