Não.
Você está certo de que ambos são executados no ARM, mas os internos do sistema são diferentes.
Além disso, as bibliotecas que existem no telefone são diferentes daquelas para a versão desktop ou RT.
Dito isto, se os aplicativos forem recompilados e você acreditar em MS, deve ser fácil portar programas entre os dois, mas isso não acontece porque os processadores são parecidos, mas sim por causa das bibliotecas e frameworks serem similares.