Antes de mais nada, você precisará localizar exatamente onde está o local de inicialização. Autoruns irá ajudá-lo aqui.
Se iniciado por meio de atalhos simples na pasta de inicialização, você sempre pode definir as propriedades de atalho como Executar em uma janela Minimizada.
O aplicativo em si também pode ter uma opção de inicialização "inicializada" ou similar, ou até mesmo um argumento de linha de comando que você pode anexar à chamada. (Por exemplo, anexar o argumento de linha de comando /MINIMIZED ao atalho do uTorrent deve funcionar, ou você pode simplesmente escolher a opção equivalente na interface do usuário em Preferences / General .)
Nem todos os locais de inicialização podem ser editados facilmente, por isso, se você deseja obter conselhos sobre qualquer aplicativo específico, é possível postar seu nome (e sua localização de inicialização também como mencionado pelo Autoruns) para que possamos fornecer mais ajuda.