Tenho certeza de que o ffmpeg / avconv não pode fazer o que você quer. No entanto, como você está usando o imagemagick de qualquer maneira, basta preencher as imagens with -extent da seguinte forma:
convert *.jpg -delay 20 -morph 20 \
-background black -gravity center -extent 1024x576 %06d.transition.jpg
Obviamente, altere a resolução para a resolução desejada. Então você pode apenas alimentar as imagens em ffmpeg / avconv, como na sua pergunta.