Quando usado em referência a imagens usadas em sites, a combinação de imagens como essa é chamada de CSS sprite .
Você pode usar a ferramenta montagem do Imagemagick (fonte aberta) para combinar rapidamente seus ícones em um arquivo grande.
Isso cria uma única imagem de 5x5 de tudo na pasta atual:
montage -background transparent -tile 5x5 *.png sprite.png
Se houver menos de 25 imagens, espaços em branco serão usados. O último arquivo na linha de comando é o arquivo de saída.
O Imagemagick é uma ferramenta de linha de comando e, com freqüência, a maneira mais rápida e eficiente de fazer o que você deseja.