O Dropbox não deve ter problemas ao usar uma "pasta Dropbox" ligada a links simbólicos.
Certifique-se de que a pasta dropbox na sua partição ganha esteja sincronizada e atualizada.
dropbox stop
cd /home/$user/Dropbox
tar cvfz /home/$user/backup.tar.gz *
rm -R /home/$user/Dropbox
ln -s /pathtowindowspartition/User/Dropbox /home/$user/Dropbox
cd /home/$user/Dropbox
dropbox start