Eu posso os dois arquivos por meio do TagEditor e percebi a diferença:
$ tageditor --info --files Miaow-02-Hidden.m4a outfile.m4a
Technical information for "Miaow-02-Hidden.m4a":
Container format: MPEG-4 Part 14
Document type M4A
Duration 4 min 5 s 156 ms
Creation time 2010-11-03 09:42:53
Modification time 2010-11-03 09:43:12
Tag position before data
Index position before data
Padding 3.12 KiB
Technical information for "outfile.m4a":
Container format: MPEG-4 Part 14
Document type M4A
Version 512
Duration 4 min 5 s 157 ms
Creation time 1904-01-01 00:00:00
Modification time 1904-01-01 00:00:00
Tag position after data
Index position after data
Padding 8 bytes
Como você pode ver, o arquivo original tem o índice (moov atom) no começo de o arquivo. Isso é conhecido como faststart . Eu mudei meu comando e resolveu o problema:
ffmpeg -i Miaow-02-Hidden.m4a -c copy -movflags faststart outfile.m4a