TL; DR:
Tente instalar drivers USB apropriados para sua placa-mãe.
Versão longa:
Eu tive um problema muito parecido. Para mim, toda vez que eu inicializava no Linux, meus dispositivos USB não funcionavam no Windows. Para mim, a reinicialização não corrigiu o usb. Talvez isso te ajude.
Eu estava usando os drivers genéricos do Windows 7 para USB e encontrei uma pergunta semelhante em um site diferente: link
Para mim, ir ao site do fabricante da minha placa-mãe e instalar os drivers USB 3 funcionou. Então, talvez você possa consertar o problema acessando o site do fabricante da sua placa-mãe / laptop e instalando alguns drivers USB específicos para o seu computador.