Os arquivos podem, em teoria, ficar corrompidos apenas no disco, já que o campo magnético da Terra está constantemente tentando realinhar os pequenos ímãs e o pico aleatório de radiação de fundo colidir com os pratos ...
Como você indicou, as janelas podem estar alterando alguns dos metadados na primeira cópia.
Quanto à segunda tentativa de cópia, no entanto, neste caso em particular, é muito mais provável que o Windows as tenha gravado em um setor defeituoso, sugiro executar o chkdsk com as opções corretas para verificar o disco e atualizar a lista de setores defeituosos. Finalmente, ative o monitoramento SMART para seus discos e veja se o próprio controlador de disco está relatando que o disco está saindo.
Em última análise, é por isso que se deve sempre manter bons backups. Também este é o tipo de erros que o raid ajuda a evitar.