Esta resposta é obviamente atrasada, mas me deparei com ela e achei que uma resposta poderia ser útil para qualquer um que ainda tenha uma dúvida sobre esse problema. Usando Yosemite (e Mavericks e Mountain Lion se você ainda estiver nessas versões do OS X; não tenho certeza sobre o Lion, mas se essa opção existir no Lion, presumo que funcionaria), a maneira de impedir a indexação do Spotlight (e realizar buscas nos) seus backups do Time Machine em um disco rígido externo é: 1) abra o Spotlight nas Preferências do Sistema; 2) clique na opção Privacidade do Spotlight; 3) em seguida, basta arrastar o ícone do disco rígido externo (assumindo que esteja visível na sua área de trabalho) na lista Privacidade. Isso evitará que o Spotlight indexe e pesquise todos os seus backups do Time Machine.
Você pode fazer o mesmo com outras pastas no disco rígido interno que não deseja que o Spotlight pesquise ou indexe (por exemplo, caches, logs e outras pastas em constante mudança que apenas usam CPU e fornecem resultados de pesquisa que não têm valor). Basta localizar as pastas em seu disco rígido interno e arrastá-las para a lista de privacidade do Spotlight. Eles, naturalmente, permanecem fisicamente no seu disco rígido.