Eu tive o mesmo problema e parece que a desativação da aceleração 3D nas propriedades do VirtualBox resolveu o problema.
Estou executando o Emacs dentro de uma máquina virtual e estou tendo problemas de redesenho ao rolar ou adicionar / remover linhas de texto. Parece que apenas uma pequena parte da janela está sendo redesenhada, fazendo com que algumas linhas sejam repetidas e outras sejam obscurecidas.
Eu não tive problemas semelhantes com outros aplicativos dentro da máquina virtual.
O problema está presente, quer eu execute a máquina virtual no modo de tela inteira ou em janelas.
Esta é minha configuração:
Minha solução agora é executar o Emacs no modo terminal, mas eu preferiria uma solução que funcionasse corretamente em sua própria janela gráfica.
Como uma solução alternativa nos casos em que Cinnamon não é um requisito, descobri que ao usar o desktop Flashback do GNOME que vem com o Ubuntu 13.10, não tive esse problema, mesmo com a aceleração 3D ativada. A funcionalidade e a sensação do Flashback do GNOME é bem parecida com o Cinnamon, pelo menos para meu uso.