O longo e o curto é: na maioria dos SO (windows [xp | 2k | v | 7], Linux, etc.), sim, desde que sua placa-mãe tenha espaço suficiente.
Eu fiz isso com cartões completamente diferentes (matrox, ati, nvidia, trident, intel, cirrus, etc) em várias versões do Linux e distros.
O Linux lida perfeitamente com ele, seja com cartões diferentes do mesmo fornecedor ou com fornecedores completamente diferentes. Quando você inicializar, provavelmente irá clonar sua tela. Vá para o menu de configurações do sistema e, em seguida, o painel de controle do monitor. Deve ser simples (os painéis de controle do gnome / ubuntu são bem fáceis), mas busque no site do ubuntu se precisar de ajuda.
Você disse o Ubuntu, mas no caso de você estar com dual-boot, o Windows estará bem com cartões diferentes do mesmo fornecedor, ou cartões diferentes de diferentes fornecedores. MAS, muitas pessoas relatam problemas de estabilidade com a mistura de tipos de cartão no Windows. Eu nunca tive problemas de estabilidade no Windows (para vários cartões que são;), mas eu suspeito que era porque eles eram PCs de trabalho usados para aplicativos de negócios e não para jogos 3D.