Eu recomendo Referenciador . Você pode baixá-lo usando o apt-get. Ele suporta a marcação de arquivos com campos como autor, título, periódico e editor, etc. Para muitos trabalhos de pesquisa, ele irá automaticamente baixar os dados para você, desde que haja um identificador DOI dentro do arquivo. Também pode gerar arquivos BibTex automaticamente.
No entanto, não armazena suas referências on-line. Eu uso com git eu mesmo, e funciona bem.