Você tentou clicar com o botão direito do mouse em um arquivo pdf e alterar sua associação (em propriedades)? Eu testei e deu certo (eu também tenho foxit e adobe, apesar de preferir foxit).
clique com o botão direito > propriedades. A janela de propriedades do arquivo será exibida. Escolha a guia Geral. Você verá um campo chamado "Abre com". Clique no botão Alterar e selecione o programa que você preferir. Estas instruções são baseadas em um sistema operacional Windows XP.
Você também pode tentar abrir o IE e, em ferramentas > gerenciar add-ons verificar o que está configurado e alterá-lo.