@acejavelin!
Isso realmente depende dos arquivos que você planeja armazenar no HDD de 3 TB. No entanto, é altamente recomendável usar o padrão 4K para qualquer unidade de disco rígido NTFS com menos de 16 TB.
Assim como @whs mencionado, o tamanho menor da unidade de alocação só faria sentido se você estivesse mantendo arquivos de documentos pequenos (por exemplo) Dessa forma, uma parte muito pequena do espaço do HDD seria desperdiçada. Se você planeja fazer o backup de dados em massa, como vídeos HD, fotos, filmes, etc., então ainda maior do que o padrão AUS 4K seria melhor.
Eu sugeriria que você lesse este artigo sobre as diferenças de tamanho de unidade de alocação
Boa sorte. Espero que isto ajude. :)