Você pode definir os arquivos como ocultos abrindo o prompt de comando e executando:
for /f %f in ('dir C:\Users\Marcos\.* /b') do attrib +h %f
Isso procurará por arquivos e pastas em C:\Users\Marcos\
começando com um período e marcando-os com o atributo oculto. Você pode tornar isso recursivo (isto é, pesquisar subpastas) adicionando /s
dentro da aspa simples contendo o comando dir
.
Você também pode especificar uma pasta diferente, alterando o caminho (ou removendo o caminho e executando-o no diretório desejado.
Desde que o explorer esteja configurado para não mostrar arquivos e pastas ocultos você não os verá mais, caso contrário, você os verá, mas eles são ligeiramente transparentes.