A solução mais simples seria realmente ter a mesma estrutura de diretórios e arquivos no disco do que no arquivo.
Então você teria test.zip em um diretório. No mesmo diretório você teria o teste de diretório e nesse diretório você colocaria o test.txt. Então você usaria o comando
7z.exe u test.zip test\test.txt
Quanto a especificar um diretório de destino no arquivo, não sei se é possível.