Dê uma olhada no notepad ++ Gerenciamento de sessão:
Sessions are a set of files opened in Notepad++. They store the open files, the active file (and which view, see the section about Multi-View), the current selection and position in the file, the current bookmarks (see Bookmarks) and the current language (see the section about Languages). Using sessions, you can open a set of (related) files with one action.
Você teria que salvar manualmente suas sessões em intervalos regulares ou usar algum tipo de macro para automatizar isso ... a menos que você instale o plugin do Gerenciador de Sessões
O Plugin do Gerenciador de Sessões adiciona recursos adicionais, como Salvar automaticamente ao Gerenciador de sessão interno