Você está falando sobre duas maneiras diferentes de interagir com um backup do Time Machine: restauração e migração.
Restaurar a partir de um backup do Time Machine essencialmente torna seu computador idêntico ao estado desse backup, com algumas ressalvas. Executar uma restauração a partir de uma partição de restauração ou de um disco não fornecerá um sistema limpo. Você terá todos os mesmos problemas que teve quando fez o último backup.
A migração de um backup do Time Machine leva certas partes desse backup e as move para um sistema recém-instalado. A migração permitirá que você mantenha uma instalação limpa, mas sempre há a chance de que o que você migre tenha sido o problema, em primeiro lugar. Não importa o que você escolha, sempre pode haver problemas. De minha experiência pessoal, no entanto, posso dizer que as coisas que são menos essenciais e têm mais potencial para causar problemas são "Configurações" e "Outros arquivos e pastas".
Para responder às suas perguntas específicas sobre suspensão e desempenho de gráficos, a melhor opção é migrar a pasta do usuário, verificar se os problemas persistem e depois migrar seus aplicativos. Você não poderá criar um usuário e depois migrar para esse usuário mais tarde - a migração criará um novo usuário apenas quando você tentar migrar. As "Configurações" são, na verdade, apenas configurações do sistema, configurações / perfis de rede e impressoras - em outras palavras, nada que tenha algo a ver com a sua conta de usuário.
Desculpe se essa resposta foi um pouco rambly. ;)