AutoHotkey pode compilar seu script AHK para um executável (.exe) com sua ferramenta embutida ahk2exe .
O compilador criptografa seus dados de origem e é difícil descompilá-los. (Mas não é impossível)
Editar: Pelo meu conhecimento, não é possível apenas criptografar uma única string dentro de um script e deixar o resto intocado. Criptografar todo o script será o caminho a seguir.